Bastia dispose du port le mieux situé en face des côtes italiennes : elle représente donc un enjeu stratégique de première importance. Les officiers italiens qui y cantonnent, acquis à la cause alliée, engagent le combat dans la nuit du 8 au 9 septembre contre les Allemands. La Résistance s’empare ensuite de la ville et renverse l’administration de Vichy. Mais les Allemands reprennent le contrôle du port dès le 12 septembre. Ces premiers combats ravagent surtout le sud de Bastia, particulièrement le cimetière. Un dépôt de munitions italien se trouve en effet à proximité : les Allemands réussissent à le faire sauter.

La population civile subit une occupation militaire particulièrement sévère de la part des Allemands à partir du 12 septembre 1943. Les Bastiais sont cantonnés chez eux 23 heures sur 24. Leur quotidien est sinistrement rythmé par les tirs d’artillerie et les bombardements aériens des Alliés.

Mais la libération de Bastia, le 4 octobre, ne marque pas encore la fin de son martyre. Un tragique manque de communications entre les Alliés conduit à ce que l’aviation américaine bombarde le port de Bastia le 4 octobre à 8 heures, alors que tous les Allemands ont quitté la ville. Au total, les pertes civiles s’élèvent à près de 500 tués ou blessés. 724 immeubles ont été touchés et la ville entre dans une longue période de crise du logement.

Depuis le cimetière et le quartier Saint-Joseph, au sud, jusqu’au nouveau port et à la chambre de commerce, au nord, Bastia est jonchée de gravats. Le réseau routier autour de la ville a lourdement souffert, les transports ferroviaires sont sinistrés. La ligne de train qui reliait Bastia à Porto Vecchio ne sera ainsi jamais reconstruite.

Quant au port, encombré d’épaves, il faudra attendre le milieu des années cinquante pour qu’il retrouve enfin le trafic qui était le sien en 1938.